Struktur organisasi Dinas Pemberdayaan Masyarakat dan Desa Kabupaten Kotawaringin Timur adalah terdiri dari: a. Kepala Dinas b. Sekretariat, terdiri dari: 1. Sub Bagian Umum dan Pelaporan; 2. Sub Bagian Keuangan dan Perencanaan. c. Bidang Pemerintahan Desa dan Kelembagaan, terdiri dari: 1. Seksi Bina Pemerintahan Desa; 2. Seksi Bina Kelembagaan Desa; dan 3. Seksi Bina Administrasi Desa. d. Bidang Pembangunan dan Keuangan Desa, terdiri dari: 1. Seksi Bina Perencanaan Pembangunan Desa; 2. Seksi Monitoring dan Pengaduan Masyarakat; dan 3. Seksi Pelaporan dan Evaluasi Pembangunan Desa. e. Bidang Pemberdayaan Masyarakat Desa, terdiri dari: 1. Seksi Bina Usaha Ekonomi Pedesaan; 2. Seksi Bina Pengelolaan Sumber Daya Alam dan Teknologi Tepat Guna Pedesaan; 3. Seksi Bina Pemberdayaan Kesejahteraan Keluarga.